La Flota Mercante de Argentina nació en una época difícil para Argentina y el mundo. La Segunda Guerra Mundial había generado perjuicios a la producción de bienes y su exportación en Argentina. Uno de los problemas más graves era la escasez de bodegas para transportar los productos argentinos a sus mercados exteriores e importar los insumos indispensables para que los mecanismos productivos siguieran funcionando. La guerra submarina había desarticulado el comercio marítimo y, al igual que en la Primera Guerra Mundial (1914-1918), la Argentina se veía aislada del resto del mundo por la falta de una marina mercante nacional.
En enero de 1940 se creó una comisión asesora que estudió el tema y propuso algunas soluciones. No bien tuvo los poderes necesarios, el vicepresidente Ramón Castillo encaró el problema con energía. Compró barcos de países beligerantes, paralizados en puertos argentinos: dieciséis italianos, cuatro daneses, tres alemanes y tres franceses. Los puso a cargo del Estado a través de diversos convenios con sus armadores o con los gobiernos respectivos; un par de buques fueron transferidos por la Armada para fines comerciales y otros se adquirieron a empresas privadas. Algunos sectores empresarios se resistieron a estas medidas, y los diarios más prestigiosos reflejaron sus inquietudes, pero la comisión presidida por el almirante Francisco Stewart, que contaba con la confianza de Castillo, procedió con celeridad.
En septiembre de 1941 una ley del Congreso legalizó estas medidas y días después, por decreto N° 103.316, el vicepresidente en ejercicio creaba la Flota Mercante del Estado como organismo autónomo en la jurisdicción del Ministerio de Marina. A fines de 1942 la Flota Mercante explotaba cuarenta y dos barcos, afectados todos ellos al servicio de ultramar, con un personal de 15.000 trabajadores, de los cuales el 90 por ciento eran argentinos nativos.
La creación de la Flota Mercante fue una de las medidas de gobierno de las que Castillo siempre se enorgullecía. Poco antes de su fallecimiento, retirado ya a la vida privada y gravemente enfermo, accedió a recibir a un grupo de funcionarios de la Flota Mercante que venían a entregarle una medalla recordatoria de la creación del organismo. El anciano ex presidente no pudo contener su emoción en esa oportunidad: la Flota, a su juicio, era una de esas medidas de gobierno que lo justificarían ante la historia.
En 1960, a través de la ley 15.761, se estableció la fusión la Flota Mercante del Estado con la Flota Argentina de Navegación de Ultramar (FANU), dando origen a Empresa Líneas Marítimas Argentinas (ELMA).
